徐州医科大学审计处前身徐州医学院审计室，于一九九零年十一月成立，初为科级部门隶属徐州医学院行政领导，后于2002年改为徐州医学院审计处，又随学校更名现改为徐州医科大学审计处至今。
审计处是学校的内部审计机构，是综合性经济监督管理部门。审计处在学校党委和行政的领导下，依据国家法律、法规、政策以及上级部门和学校的规章制度，独立开展内部审计工作，为单位经济决策科学化、内部管理规范化、风险防控常态化，切实履行监督和评价职能，对学校党委和校长负责并报告工作，同时接受国家审计机关和上级主管部门审计机构的指导和监督。
现阶段，审计处开展的主要业务有处级领导干部经济责任审计、财务收支审计、建设及修缮工程审计、专项资金审计、绩效审计等。多年来，审计在促进学校管理和廉政建设、防范经济风险、提高资金使用效益方面发挥了较好的作用。